就在雇佣兵们入境的一瞬间，他们就被通缉了。好不容易抵达了目的地，居然才落地就被迫流浪。本来只需要挑明自己受雇于公司的德·维恩，误会就能解开，可他们做不到。德维恩在派出他们的时候就明确说过，不可以说自己受雇于他。因为他们来到这颗星球，除了占领与殖民外，还有一个鲜为人知的目的——窃取“反有机方程”。
终于，一路磕磕绊绊的雇佣兵来到了一个巨大的机械面前。它是机械帝国的皇帝，也是天才俱乐部27席——帝皇鲁伯特。它本是一台被丢弃在垃圾堆里的计算机，但却奇迹般地产生了自我意识。后来鲁伯特不断地提高自我算力，甚至引来了博士尊的注视。
鲁伯特认为有机生命的演算充满错误、漏洞百出，不论能够繁荣几时，总是自发地产生使生命走向终结的“反生命程式”。于是鲁伯特集结智慧机械，自号皇帝，建立了庞大的机械帝国。他推导出了“反有机方程”，并将其植入无机生命的体内，旨在启动后让无机生命组成军团，立刻开始屠杀有机生命。
可方程却没有被启动，鲁伯特被迫陷入了漫长的沉睡，相应的，他的机械帝国也陷入崩溃。而现在，一群雇佣兵沿着开拓的足迹，来到了这位古老帝皇的面前。
「神秘」再次出现，留下了隐秘的痕迹。祂似乎想要遮掩些什么，又似乎想要影响些什么。
可雇佣兵们还是意识到了，他们全副武装，戴着手套与防毒面具，无法理解自己正在被精神影响。
无知无觉穿过鸣人的幻术障碍，那戴着手套的手触碰到了帝皇。
「欢愉」星神——阿哈也出现了，他放声大笑，似乎有什么让他开心的事情发生了，可他除了大笑之外什么也没做。
时隔不知道多少琥珀纪，帝皇鲁伯特苏醒了。
复苏时，那些被他植入无机生命体内的“反有机方程”也随之启动，一场宏大的战争即将席卷宇宙。
当帝皇苏醒的消息传到公司时，公司内部正在为已然平息下来的改革和边境战争结束的消息争吵着。
无机生命早就受够了公司的压迫，但是星穹列车曾经帮助过他们，他们知道，有机生命也有着对他们友好的存在，帝皇鲁伯特的复苏对他们来说并不是个好消息。
塞普鲁斯——
战争爆发的时候，重组的机械自废墟中再次站起，开始攻击这颗星球上的有机生命。战争机器走过一座座城市，轻易就碾碎了那些高楼大厦。
守望者-7将鸣人交给他们的程序芯片启动，带领着无机生命们抵抗那些陷入了‘反有机方程’控制的曾经的同伴。
他将这个消息发给了鸣人和鸣人提供的两个联系方式背后的人。
一个是同为天才俱乐部的天才，第1席——赞达尔·壹·桑原，另一位则是公司现在的最高掌权者东方启行。
在宇宙中的各个角落，正在开始上演悲剧的开始，孩子们的智械父亲不受控制地想要将手中切菜的刀指向自己收留的一个个小生命，智械丈夫的手无意识地逼近正在专注于浇花的妻子，上一秒还在一起欢笑的朋友眼中的光芒突然变的赤红。
反有机方程不会挑选目标，即使是与有机生命建立联系已久的机械，依然会在方程的运算下加入战争。
而就在他们即将做出不可挽回的行为之前，来自自己链接上的星网的端口传来了一段数据。
那是——病毒。
来自于一个充满了有机生命的情感的奇迹一般的小机器人的逻辑代码。
这段代码并没有什么记忆，它只是唤醒了无机生命的神智，让他们从被操控的状态中清醒过来。
他们的过往、情感、记忆从未有过的鲜明。
促使他们急声呼喊自己的亲朋，并勉力控制住自己还在不断逼近自己亲人的金属手臂。
鲁伯特似乎是发现了寰宇间散播开来的‘病毒’。
他不断开始验算新的代码，‘反有机方程’像是连上了网线的杀毒程序，一个个不断改进的代码段被补充进去。
星穹列车中——
智械们也开始不受控制起来。
他们的意识虽然清楚，但他们却无法顺利控制他们的机体，只好拜托周围的同伴先讲自己控制起来或者将控制模块与机体暂时分离开。
几位智识命途的无名客围着他们的同伴开始研究起来。
鸣人仔细查看了他们处理器和控制器中多出来的陌生代码，手上和赞达尔的消息沟通就没有停过。
恒光在一边看着干着急，小小的机器人不断围着帕姆绕圈。
阿基维利忽然转头看向丝毫不受影响的恒光。
“你是不是——自我升级了？”
他将恒光拎起来仔细看了看，感觉恒光和刚上列车的时候应该是不一样了，他们天天待在一块没什么感觉，但是列车上的无名客们和恒光一对比，恒光的改变就有些明显了。
“我不知道，我只感觉上了列车之后，我的思维模块越来越顺畅了。”
恒光停下脚步，帕姆已经被绕晕了，眼睛已经没有了高光。
鸣人注意到这边的动静，给赞达尔留言之后就过来将恒光翻来覆去检查了一下。
仔细感受了一下恒光的能量波动，再检查了一下核心代码。
鸣人捏着下巴在脑中运算了一下。
“原来如此，果然，恒光简直就是拯救寰宇生命的希望。”
将自己刚刚被启发的灵感与赞达尔共享之后，鸣人将任务分配了下去，他们要争分夺秒地将新的‘病毒’发往寰宇间还在抗争中的生命。
就在塞普鲁斯星球陷入一片战火的时候，一位女性出现在了其中。
她是波尔卡·卡卡木，天才俱乐部第4席，也被称为‘寂静领主’。
受东方启行的委托——她要去杀死帝皇鲁伯特。
神秘的女人在公司的推动下现身，她脱下白大褂，换上一席粉色的纱裙。她的行事风格并不残忍，十分利落。就像现在被绑在椅子上的机械领主，波尔卡卡卡木看着它，听完他对帝皇忠
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